火影忍者幻境主要分为幻之试炼与幻境探险两大核心关卡体系，前者以随机走格子闯关为主，后者为50层递进式挑战，含普通、精英、主题及隐藏等多种关卡类型。

幻之试炼采用走格子地图，共7关主线BOSS战，每关前有2至3个随机格子，包含遭遇战、商店、神秘房间等节点。关卡按难度递增，前两关为基础小怪战，第三关起出现精英敌人，第七关为终极BOSS战，击败后可通关。该模式存在光门机制，满足高血量、快速或无伤通关可触发光门，解锁隐藏关与额外奖励。此外还有无尽试炼，无关卡上限，适合追求极限挑战的玩家。

幻境探险共50层，每层由多个普通战斗关卡与1个精英关卡组成，难度随层数提升。普通关卡敌人阵容随机，多为木叶、砂隐等忍者小队，通关可获探险经验与幻境能量。精英关卡位于每层末尾，难度更高，首次通关可得首通奖励，40层与50层通关可解锁专属称号。部分层数会出现主题选择，如丛林、风之国等，不同主题对应不同敌人阵容与增益倾向，玩家可按需选择。

幻境探险还包含炼狱幻象隐藏关卡，需通关无限层数后解锁，敌人为卡卡西第七班、阿斯玛第十班等经典小队，拥有专属增益效果，挑战难度更高，奖励也更丰厚。玩法上，玩家可通过降低场外战力压低关卡难度，优先激活幻境之力天赋解锁增益栏位，战斗中选择适配阵容的增益，如普攻队选普攻加成、奥义队选奥义伤害加成，提升通关效率。

两种幻境模式玩法各有侧重，幻之试炼考验操作与随机应变能力，幻境探险侧重阵容搭配与长期养成。玩家可根据自身偏好选择，优先通关幻境探险至30层获取核心秘卷奖励，再挑战高层解锁称号，同时参与幻之试炼积累操作经验，全方位提升幻境挑战能力。